V molekulární biologii se nukleotidy využívají jako základní stavební kameny pro in vitro syntézu DNA nebo RNA. Za nukleotidy můžeme považovat základní jednotky molekul nukleových kyselin. Liší se obsahem dusíkatých bází a schopností tvořit vodíkové vazby. Krátké sekvence nukleotidů můžete použít jako priméry, tedy startovní místo pro polymerázy. Využijete je i jako sondy pro vyhledání komplementárních úseků v analyzované DNA. Priméry můžete zakoupit již validované, funkčně ověřené výrobcem.
Pro návrh specifické sekvence primérů, kódujícího a antikódujícího priméru využijete řadu webových programů. Doporučujeme například PrimerExpress nebo Primer3. Ideálně by měly primery být jedinečné pro cílovou sekvenci a vykazovat malou pravděpodobnost vzniku dimerů, nespecifickou hybridizaci a neměly by generovat pozitivní falešné výsledky.
Meziřetězcové vodíkové vazby mezi bázemi vznikají podle pravidla párování A-T, C-G. Pro vznik dvouřetězcové molekuly je typické antiparalelní uložení řetězců. Vodíkové vazby lze zrušit zvýšením teploty nad 900 °C, iontovou silou a změnou pH. Po návratu k původním hodnotám se vodíkové vazby znovu vytvoří.
Při nakupování primérů se řiďte několika obecnými zásadami, abyste zajistili účinnou a specifickou amplifikaci. Délka primérů by měla být 15 až 25 nukleotidů. Vyhněte se umístění více než dvou nukleotidů G nebo C v posledních pěti nukleotidech na 3'-konci. Tím snížíte riziko nespecifického nasednutí primérů. Další zásady a informace o nukleotidech a primérech se dozvíte na webu Biogen v našem článku.